В философско-правовых размышлениях Марии Шишковской проявляется тесная связь теории познания, философии человека, аксиологии и философии политики. В ее понимании человек – свободное существо, которое должно стремиться к реализации идеалов. Он обязан внутренне и индивидуально развиваться, но вместе с этим также заботиться о судьбах человечества и мира (общественный индивидуализм). Теория естественного права со сменным содержанием, которую сформулировала ученая, подчеркивает необходимость рассматривать право в перспективе ценностей. Из провозглашаемого М. Шишковской умеренного агностицизма следуют постулаты равноправия всех мировоззрений и разделения права и моральности в публичной жизни. Толерантность и пацифизм она считает философско-правовыми ценностями.
