Diagnostyka molekularna i epidemiologia dermatofitów izolowanych od pacjentów województwa podkarpackiego

Dermatofity są grzybami strzępkowymi, których naturalnym środowiskiem występowania jest gleba. Od wielu lat dermatofity stanowią poważnym problemem zarówno w diagnostyce mykologicznej, jak i terapii. Prawidłowa i szybka identyfikacja dermatofitów jest niezbędna. Rutynowa diagnostyka laboratoryjna dermatofitów obejmuję kilka etapów, wśród których najważniejsza jest identyfikacja gatunku. Wyniki otrzymane w ramach rozprawy doktorskiej potwierdziły, że korzystając z metod fenotypowych czasem nie można prawidłowo określić gatunków, zwłaszcza jeżeli mamy gatunki należące do jednego rodzaju. Celem niniejszej rozprawy było zastosowanie metod molekularnych do diagnostyki klinicznej dermatofitów, pozwalających na jednoznaczną identyfikację, różnicowanie wewnątrzgatunkowe oraz porównywanie pokrewieństwa filogenetycznego izolowanych szczepów województwa podkarpackiego. Pierwszym etapem pracy była weryfikacja wyników fenotypowej identyfikacji zebranej kolekcji szczepów za pomocą molekularnej metody PCR-RFLP. Dodatkowo w celu ustalenia stopnia wewnątrzgatunkowego zróżnicowania części zebranej kolekcji dermatofitów, wykorzystano metodę PCR-MP. Kolejnym etapem pracy było opracowanie sond gatunkowo specyficznych w oparciu o technikę genomowej fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ do identyfikacji 3 najczęściej wywołujących zakażenia gatunków dermatofitów. Dodatkowym elementem badań była analiza aktywności flawonoidów oraz polifenolu wobec wzorcowych szczepów dermatofitów.

Dermatophytes are filamentous fungi naturally occurring in the soil. The fungi have a capacity to break down keratin, and are characterized by close genetic and physiological affinity, as well as an ability to cause infections. The routine laboratory-based diagnostics of dermatophytes comprises a number of stages, the most important of which focuses on the species identification. The findings of the doctoral research show that phenotype methods may be ineffective in identifying species, particularly if the species belong to one genus. The generally adopted standards for diagnostic medical microbiology include the requirement for identifying pathogenic organisms at the level of species. The purpose of this dissertation was to examine the use of molecular methods in clinical diagnostics of dermatophytes enabling explicit identification, intraspecific differentiation and comparison of phylogenetic relationship of isolated strains occurring in the Podkarpackie Province. The first stage of the study was designed to verify phenotypic identification of the collected strains by means of a molecular method PCR-RFLP. Additionally, the degree of intraspecies differentiation in part of the acquired dermatophyte collection was determined using PCR-MP method. The second stage of the study involved the development of species-specific probes, based on the technique of GISH. The study additionally examined the activity of 6 selected compounds of plant origin related to the reference strains of dermatophytes.